30 septembre 2020
Détectez les infections avant même qu’elles ne surviennent avec ce test simple

Détectez les infections avant même qu’elles ne surviennent avec ce test simple

Cet article a été partagé avec la permission de nos amis sur naturalblaze.com.

Un nouveau test détecte pratiquement tous les virus qui infectent les personnes et les animaux, selon une recherche de la Washington University School of Medicine de St. Louis, où la technologie a été développée.

Plusieurs milliers de virus sont connus pour provoquer des maladies chez les humains et les animaux, et poser un diagnostic peut être un exercice exhaustif, nécessitant parfois une batterie de tests différents. En effet, les tests actuels ne sont pas suffisamment sensibles pour détecter de faibles niveaux de bogues viraux ou se limitent à détecter uniquement les virus soupçonnés d’être responsables de la maladie d’un patient.

Le saviez-vous?

Gregory Storch, MD, le professeur Ruth L. Siteman de pédiatrie et auteur principal montre:

Avec ce test, vous n’avez pas besoin de savoir ce que vous recherchez. Il jette un large filet et peut détecter efficacement les virus présents à de très faibles niveaux. Nous pensons que le test sera particulièrement utile dans les situations où un diagnostic reste insaisissable après un test standard ou dans les situations où la cause d’une épidémie est inconnue.

Résultats publiés en ligne en septembre dans la revue Recherche sur le génome démontrer que dans les échantillons de patients, le nouveau test – appelé ViroCap – peut détecter des virus non détectés par des tests standard basés sur le séquençage du génome. Le nouveau test pourrait être utilisé pour détecter des épidémies de virus mortels tels que Ebola, Marburg et le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), ainsi que des virus plus courants, notamment le rotavirus et le norovirus, qui causent tous deux des infections gastro-intestinales graves.

Les séquences de test et détectent les virus dans les échantillons de patients et sont tout aussi sensibles que les tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR) de référence, qui sont largement utilisés dans les laboratoires cliniques. Cependant, même les tests de PCR les plus étendus ne peuvent dépister que jusqu’à environ 20 virus similaires en même temps.

Les chercheurs de l’Université de Washington disent qu’ils mettent la technologie qu’ils ont développée à la disposition des scientifiques et des cliniciens du monde entier, au profit des patients et de la recherche.

Les chercheurs ont évalué le nouveau test dans deux séries d’échantillons biologiques – par exemple, de sang, de selles et de sécrétions nasales – de patients de l’hôpital pour enfants St. Louis. Dans le premier, les tests standard qui reposaient sur le séquençage du génome avaient détecté des virus chez 10 des 14 patients. Mais le nouveau test a trouvé des virus chez les quatre enfants que les tests précédents avaient ratés. Les tests standard n’ont pas permis de détecter les virus courants de tous les jours: la grippe B, une cause de grippe saisonnière; le parechovirus, un virus gastro-intestinal et respiratoire léger; le virus de l’herpès 1, responsable des boutons de fièvre dans la bouche; et le virus varicelle-zona, qui cause la varicelle.

Dans un deuxième groupe d’enfants atteints de fièvres inexpliquées, les tests standard avaient détecté 11 virus chez les huit enfants évalués. Mais le nouveau test en a trouvé sept autres, y compris un virus respiratoire appelé adénovirus humain de type 3A, qui est généralement inoffensif mais peut provoquer des infections graves chez certains patients.

Au total, le nombre de virus détectés dans les deux groupes de patients est passé de 21 à 32, soit une augmentation de 52%.

« Le test est si sensible qu’il détecte également des souches variantes de virus qui sont étroitement apparentées génétiquement », a déclaré l’auteur correspondant Todd Wylie, professeur de pédiatrie. « Les légères variations génétiques parmi les virus ne peuvent souvent pas être distinguées par les tests actuellement disponibles et compliquent la capacité des médecins à détecter toutes les variantes avec un seul test. »

De plus, comme le test comprend des informations génétiques détaillées sur diverses souches de virus particuliers, les sous-types peuvent être facilement identifiés. Par exemple, l’étude a montré que si les tests standard ont identifié un virus comme la grippe A, qui cause la grippe saisonnière, le nouveau test a indiqué que le virus était un sous-type particulièrement sévère appelé H3N2.

Et chez certains patients – en particulier les jeunes enfants, les personnes âgées et les personnes dont le système immunitaire est affaibli – le fait de savoir que la souche H3N2 est présente peut modifier le traitement.

Pour développer le test, les chercheurs ont ciblé des segments uniques d’ADN ou d’ARN de chaque groupe connu de virus qui infectent les humains et les animaux. Au total, l’équipe de recherche a inclus 2 millions de segments uniques de matériel génétique provenant de virus dans le test. Ces tronçons de matériel sont utilisés comme sondes pour éliminer les virus dans les échantillons de patients qui sont une correspondance génétique. Le matériel viral apparié est ensuite analysé à l’aide d’un séquençage génétique à haut débit. Alors que des virus complètement nouveaux sont découverts, leur matériel génétique pourrait facilement être ajouté au test, a déclaré Storch.

Les chercheurs envisagent de mener des recherches supplémentaires pour valider la précision du test, il pourrait donc s’écouler plusieurs années avant qu’il ne soit cliniquement disponible.

« Il peut également être possible de modifier le test afin qu’il puisse être utilisé pour détecter des agents pathogènes autres que les virus, y compris les bactéries, les champignons et autres microbes, ainsi que des gènes qui indiqueraient que l’agent pathogène est résistant au traitement avec des antibiotiques ou d’autres médicaments », a déclaré la co-auteure Kristine Wylie, PhD, professeure adjointe de pédiatrie.

En attendant, la technologie peut être utilisée par les scientifiques pour étudier les virus dans un cadre de recherche. Kristine Wylie étudie les virus qui s’installent dans et sur le corps humain, collectivement connus sous le nom de virome. Le nouveau test fournira un moyen de saisir toute l’étendue et la profondeur de ces virus et d’approfondir la compréhension de la façon dont ils jouent un rôle dans le maintien de la santé du corps.

Photo: CC BY 2.0 Wikimedia Commons

SOURCE: http://www.naturalblaze.com/2015/10/new-test-detects-all-viruses-that-infect-people-and-animals.html